Odlaskom Turaka te osamostaljenjem i formiranjem država na ovom prostoru muslimansko stanovništvo počinje sa formiranjem Islamskih verskih zajednica koje imaju za zadatak očuvanje islama i duhovnog bića muslimana a uz saglasnost Mešihata u Istanbulu preko dodele menšure šejh-ul-islama. Kroz dugu, može se reći vekovnu, istoriju Islama u Srbiji, izdvojićemo bezmalo 150 godina tradicije institucije Islamske zajednice Srbije.

Još u Kneževini Srbiji rešenjem kneza Mihaila Obrenovića i Državnog saveta od 18. maja 1868. godine islam je priznat kao veroispovest. Država se tada obavezala da snosi troškove za izdržavanje imama i mujezina i održavanje Bajrakli-džamije u Beogradu. Zakonom o uređenju oslobođenih teritorija od 3. januara 1879. navedeno  je da “građani muhamedanske kao i građani hrišćanske i svake druge zakonom priznate vere imaju pravo i slobodu na javno izvršenje verozakonskih obreda veroispovedi svoje”.

Sedište muftije srbijanskog bilo je u Nišu do balkanskih ratova. Beleži se da je Menšurom šejh-ul-islama 1909. godine za muftiju u Nišu postavljen Mehmed Zeki ef. Ćinara sa nadležnošću za raspravljanje šerijatskih poslova na celoj teritoriji Kraljevine Srbije. Posle balkanskih ratova Srbija je Uredbom od 18. avgusta 1913. godine još jedanput potvrdila slobodu ispovedanja islama. Međutim, ona ni tada, nije donosila posebne propise o uređenju i organizaciji islamske verske zajednice, već je  ostavila muslimanima da to urede  svojim verskim propisima. Islam kao veroispovest u Srbiji do 1914. godine karakterisalo je sledeće: islam je bio zakonski priznata veroispovest;   (Srpska pravoslavna crkva imala je status državne crkve); muslimani su sačinjavali posebnu versku zajednicu, kojoj je bilo omogućeno da po svojim verskim propisima upravlja i uređuje svoje unutrašnje verske odnose  pod vrhovnim nadzorom države; na čelu zajednice stajao je muftija sa sedištem u Nišu (posle balkanskih ratova dobio je naziv vrhovni muftija); islamska verska zajednica mogla je sa znanjem ministra prosvete i crkvenih poslova održavati duhovne odnose sa predstavnicima islamskih verskih zajednica van granica države; država je materijalno pomagala islamsku versku zajednicu.

            Posle Prvog svetskog rata u Kraljevstvu SHS muslimani su ušli sa tri odvojene verske zajednice: U Srbiji na čelu sa vrhovnim muftijom čije je sedište premešteno iz Niša u Beograd; U Crnoj Gori na čelu sa glavnim muftijom sa sedištem u Baru i u Bosni i Hercegovini sa reis-ul-ulemom sa sedištem u Sarajevu. U prvoj deceniji organizacija i uređenje navedenih islamskih verskih zajednica nije znatnije menjana. Da bi se otklonile razlike u pogledu državnog upravljanja i nadzora 12. septembra 1919. doneta je Privremena uredba o upravi vakufa u Kraljevini SHS, koja 28 februara 1922. zamenjena zakonom. Muslimani Srbije i Crne Gore od tada su činili jednu versku zajednicu pod upravom vrhovnog muftije u Beogradu. Muslimani u Bosni i Hercegovini, Hrvatskoj, Slavoniji, Sloveniji i Dalmaciji i dalje su živeli u posebnoj  islamskoj verskoj zajednici pod vrhovnom upravom na čelu sa reis-ul-ulemom i sedištem u Sarajevu. Prema navedenoj uredbi i zakonu o upravi vakufa nadzor nad vakufima i upravu Centralnog vakufskog fonda za teritoriju Srbije i Crne Gore vodilo je Ministarstvo vera, a uprava vakufa u Bosni i Hercegovini i dalje je ostavljena u nadležnost vakufsko-merafskih organa koji su tamo pre postojali.

            U čl. 12 Ustava Kraljevine SHS iz 1921. postavljeno je načelo o slobodi vere i ravnopravnosti svih usvojenih vera. U skladu sa tim islam je uvršten u red usvojenih i ravnopravnih vera.

            Jedinstvo islamske verske zajednice u Kraljevini Jugoslaviji ustanovljeno je na osnovu Zakona o islamskoj verskoj zajednici Kraljevine Jugoslavije od 30. januara 1930.  U članu 1. ovog zakona uređeno je da “svi muslimani u Kraljevini Jugoslaviji sačinjavaju samostalnu islamsku versku zajednicu pod reis-u-ulemom kao vrhovnim verskim starešinom”. Njegovo sedište bilo je u Beogradu. Muslimani su i dalje samoupravno birali svoje predstavnike. Islamska verska zajednica kao i sve druge verske organizacije stajala je pod upravom i nadzornom državnom vlasti (do 1929. pod Ministarstvom vera, a od tada pod Ministarstvom pravde), i dobijala njenu materijalnu pomoć. Prema ovom zakonu Islamska verska zajednica mogla je da održava duhovne odnose sa islamskim verskim predstavnicima u inostranstvu.

Na predlog resornog ministra pravde i uz saglasnost Ministrarskog saveta kralj je ukazom postavljao: reis-ul-ulemu, članove Ulema-medžlisa i muftije. U skladu sa zakonom i Ustavom Islamska verska zajednica je samostalno upravljala i raspolagala imovinom i vakufima (zadužbinama), uz finasijski nadzor državnih organa, kao i sve druge institucije. Islamska verska zajednica i pojedine njene ustanove bile su pravna lica.

             Prvi Ustav Islamske verske zajednice Kraljevine Jugoslavije donet je 9. jula 1930. Prema ovom aktu Islamska verska zajednica priznata je vera Kraljevine Jugoslavije i bila je ravnopravna sa ostalim verskim zajednicama. Organizacija Islamske verske zajednice zasnovana je na versko-prosvetnom i vakufsko-imovinskom uređenju. Ova zajednica upravljala se prema: propisima šerijata, zakonu i ustavu islamske verske zajednice.

Hafiz Ibrahim ef. Maglajlić je položio zakletvu i primio menšuru 19. juna 1930. godine. Svečano ustoličenje obavljeno je u Bajrakli džamiji u Beogradu 31. oktobra 1930. godine uz prisustvo kralja, članova vlade, diplomatskog kora i mnogobrojnih delegacija iz zemlje. Usvajanjem novog ustava i izborom za reisu-l-ulemu hadži hafiz Ibrahim ef. Maglajlića, Vrhovno islamsko starešinstvo i sedište reisu-l-uleme preneseno iz Sarajeva u Beograd. Zakon o islamskoj verskoj zajednici iz 1930. izmenjen je i dopunjen Zakonom o pravnom položaju verskih zajednica od 28. ferbuara 1936. Ovim propisom ukinuta su muftijstva i sedište reis-ul-uleme premešteno  iz Beograda u Sarajevo.

U periodu posle drugog svetskog rata, formiranjem nove države FNRJ-SFRJ Islamska zajednica Srbije funkcioniše u okviru Vrhovnog Starešinstva Islamske zajednice Jugoslavije kao starešinstvo Islamske zajednice za SR Srbiju sa sedištem u Prištini. U ovom teškom periodu dolazi do obnavljanja institucija i vakufa Islamske zajednice preko postavljenja glavnog imama beogradskog kasnije obnavljanjem muftijstva beogradskog sa nadležnošću za Srbiju i AP Vojvodinu bez AP Kosova i Metohije i regije Sandžaka 1981. godine rešenjem vrhovnog i republičkog starešinstva. Islamska zajednica Srbije preko beogradskog muftijstva u ovom periodu uspostavlja vakufe formira džemate širom Srbije što čini i do današnjih dana. Raspadom SFRJ razbija se Islamska zajednica u njoj, Starešinstvo IZ-e za Srbiju prestaje da postoji, muftijstvo beogradsko nastavlja svoj mukotrpni rad praveći nekoliko krupnih i značajnih koraka kao što su formiranje Islamske zajednice Srbije na obnoviteljskom Saboru u Nišu 1994. godine kao i formiranje Beogradske islamske srednje medrese. Islamska zajednica danas je u stalnoj izgradnji kako infrastrukturnoj tako kadrovskoj i instutucionalnoj u čemu se beleže zavidni rezultati uzimajući u obzir teško opšte a naročito materijalno stanje. Paljenjem  džamija u Beogradu i Nišu  Islamska zajednica Srbije pretrpela je jedan od najtežih trenutaka u svom postojanju ali uprkos tome je opstala i ostala zahvaljujući dragom Bogu. Danas jedan od veoma važnih zadataka koji stoje pred muslimanima Srbije jeste pitanje organizacije Islamske zajednice

2006 godine donet je Zakon o verskim zajednicama prvi put nakon komunističkog režima. Islamska zajednica Srbije je iste godine podnela zahtev za upis u novi registar nakon čega je dobila potvrdu o upisu a 2007 godine donesena je odluka o formiranju Rijaseta IZ-e Srbije koji je posle 1991 godine objedinio IZ-u iz centralne Srbije sa Odborima IZ-e na području regije Sandžak.